勤怠管理システム おすすめ5選｜中小企業向けに料金・機能を徹底比較【2026年最新版】

「どのシステムを選べばいいのか、結局よくわからない」——勤怠管理システムを検討し始めたものの、製品が多すぎて比較する気力が失われていませんか。

月300円から使えるものもあれば、給与計算まで一括でこなせるものもある。機能の差は見た目より大きく、「安いから」「有名だから」という理由で選ぶと、後々「思っていたのと違う」と後悔する経営者が少なくありません。

この記事では、中小企業（従業員10〜50名）にとって本当に使いやすい勤怠管理システムを5つに絞って紹介します。料金・機能・導入実績を正直に比較し、「自社に何が合うか」がわかる内容にまとめました。Excelや紙で勤怠を管理している会社が、初めてシステムを導入するときの判断材料としても使えます。

中小企業向け勤怠管理システム おすすめ5選

以下では、実際に中小企業での導入実績が豊富な5つのシステムを、料金・機能・使いやすさの観点から詳しく解説します。それぞれに向いている会社のタイプも明示しているので、自社の状況と照らし合わせながら読んでみてください。

① KING OF TIME｜業界最多クラスの導入実績・月300円のシンプル料金

KING OF TIMEは、国内の勤怠管理システム市場でトップクラスのシェアを誇るツールです。導入企業数64,000社以上、利用者数410万人以上という実績は、中小企業から大企業まで幅広く支持されていることを示しています。

料金体系は徹底的にシンプルで、月額300円×従業員数のみ。初期費用も月額固定費もなく、10名の会社なら月3,000円で導入できます。勤怠管理システムを初めて入れる会社が「とりあえずここから」と選ぶのも納得です。

機能面で特徴的なのは、20種類以上の打刻方法が追加費用なしで使えること。ICカード・顔認証・スマートフォン・GPSなど、現場の状況に合わせて組み合わせられます。外出が多い営業職の多い会社でも、工場や店舗を持つ会社でも、打刻方法に困るケースがほぼありません。

有給休暇の自動付与・残業アラート・残業時間のリアルタイム確認といった、労務管理に必要な機能も一通り揃っています。ただし、給与計算は含まれないため、給与計算ソフトとの連携が必要になる点は覚えておいてください。

KING OF TIMEはこんな会社に向いています 

コストを最小限に抑えながら、信頼性の高いシステムを導入したい中小企業全般。特に打刻の多様性が必要な業種（飲食・製造・サービス業）や、初めてシステム化に取り組む会社に最適です。

② ジョブカン勤怠管理｜シフト勤務に強い・最安200円からスタ

ジョブカンは、シフト管理機能の充実度で選ばれることが多いシステムです。「基本シフト」「パレットシフト」「ラインシフト」の3パターンのシフト設定方式を持ち、飲食店・小売店・介護施設など、複雑なシフト運用が必要な現場でも柔軟に対応できます。

料金は月額200円〜/人（最低利用料月額2,000円）と、業界最安水準の一つ。ただし、勤怠管理に必要な機能を「出勤管理」「シフト管理」「休暇・申請管理」「工程管理」の4つに分け、1機能あたり200円、追加機能は+100円という仕組みです。基本的な出勤管理のみなら月200円/人で済みますが、シフト管理も使いたい場合は300円/人になります。

ジョブカンシリーズ（勤怠・給与・HR・経費）の累計導入社数は300,000社以上。勤怠管理単体でも、中小企業での事例が豊富です。

打刻方法はPCブラウザ・スマートフォン・ICカード・GPS・LINE・Slackなど多様に対応。特にSlack打刻は、リモートワーク中心の会社やITツールを日常的に使っている職場では便利に使えます。

ジョブカン勤怠管理はこんな会社に向いています 

シフト勤務がある業種（飲食・小売・サービス）や、パート・アルバイトが多い職場。また、勤怠管理だけでなく将来的にジョブカンの給与計算・経費精算との連携も視野に入れている会社にもおすすめです。

③ マネーフォワード クラウド勤怠｜給与計算との自動連携で事務作業を劇的に削減

「勤怠のデータを手入力で給与計算ソフトに移している」——この手間に悩んでいる会社に、マネーフォワード
クラウド勤怠は強く刺さります。勤怠データが給与計算ソフト（マネーフォワードクラウド給与）に自動反映されるため、月末の転記作業がゼロになります。

料金は月額6,480円（5名まで、年払い）、6名以降は月300円/人追加。30名の会社であれば、月額6,480円＋（25名×300円）＝月額約14,000円ほどになります。KING OF TIMEやジョブカンと比べると割高に見えますが、給与計算との一体化による工数削減を考えると、総合的なコストパフォーマンスは十分に高いといえます。

1ヶ月間の無料トライアル（クレジットカード不要）があるため、まずは実際に試してから判断できるのも安心です。フレックスタイム制・裁量労働制など複数の勤務形態にも対応しており、多様な働き方を取り入れている会社にも対応できます。

マネーフォワード クラウド勤怠はこんな会社に向いています 

すでにマネーフォワードの会計・給与ソフトを使っている会社。また、経理担当者の残業が月末に集中しており、給与計算の工数を削減したい会社に特に効果を発揮します。

④ freee人事労務｜勤怠から年末調整まで一気通貫・総務担当が助かるオールインワン

freee人事労務は、勤怠管理・給与計算・年末調整・社会保険手続きまでを1つのシステムで完結させることができる統合型ツールです。他のツールが「勤怠管理＋外部連携」という構成なのに対し、freeeは人事労務の一連の流れをすべて内包しています。

料金はスタンダードプランで月額4,000円（基本料金）＋従業員数に応じた追加料金。勤怠管理と有給管理を含む機能を使うにはスタンダード以上が必要です。導入企業数は530,000社以上（freee全サービス合計）と圧倒的で、サポート体制や事例の豊富さも業界トップクラスです。

年末調整はfreeeの画面上で従業員がアンケート形式で入力でき、担当者の集計・確認作業が大幅に減ります。社会保険の月変・算定などの手続きも、マイナンバーとの連携でスムーズに処理できます。

一方、料金はKING OF TIMEやジョブカンより高めになるため、「勤怠管理だけできればいい」という会社には過剰になる場合もあります。人事労務全体の効率化を目指す会社に向いているツールです。

freee人事労務はこんな会社に向いています 

freee会計をすでに利用中の会社。また、総務・経理担当が1〜2名で少なく、人事労務業務をできるだけ一元化・自動化したい中小企業に向いています。年末調整の手間を特に削減したい会社にも強くおすすめします。

⑤ HRMOS勤怠 by IEYASU｜30名以下なら完全無料・まず試したい会社の第一選択肢

HRMOS勤怠（旧：IEYASU）は、従業員30名以下であれば無期限・完全無料で利用できるという唯一無二の強みを持つ勤怠管理システムです。打刻・月次集計・CSV出力など、勤怠管理の基本機能がすべて無料で使えます。

「コストをかけずにまず試したい」「まだ規模が小さいうちはお金をかけたくない」という会社には、この選択肢から始めるのが最も低リスクです。累計導入社数は10万社以上（2025年1月時点）と、無料ツールとしては異例の実績があります。

打刻方法はLINE・QRコード・ICカード・スマートフォン・PCなど8種類に対応。30名を超えたタイミングで有料プランに移行する場合も、月額100円/人（基本機能）と業界最安水準です。有給管理やシフト管理はオプション（各+50〜100円/人）で追加できま
す。

ただし、給与計算機能はないため、別途給与計算ソフトとの連携が必要です。freeeやマネーフォワードの給与計算ソフトと組み合わせて使っている会社も多くあります。

HRMOS勤怠 by IEYASUはこんな会社に向いています 

従業員30名以下の小規模企業で、コストを最小化しながら勤怠管理をシステム化したい会社。また、まず無料で試して、使い勝手を確認してから判断したい会社にも最適です。

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5つのシステム料金・機能比較まとめ

5つのシステムの主な特徴を一覧で確認できるようにまとめました。各ツールの強みと弱みを比較した上で、自社に合った選択をしてください。

料金シミュレーション｜従業員20名の会社の場合

実際に中小企業（従業員20名）が各ツールを使った場合の月額費用を計算してみます。ツール選びの際に「どれが一番安いか」を明確にするための比較です。

• KING OF TIME：300円×20名＝月6,000円
• ジョブカン勤怠管理（出勤管理のみ）：200円×20名＝月4,000円（最低2,000円/月）
• ジョブカン勤怠管理（シフト管理込み）：300円×20名＝月6,000円
• マネーフォワード クラウド勤怠：6,480円＋（15名×300円）＝月10,980円（年払い換算）
• freee人事労務（スタンダード）：月額4,000円＋従業員数分の追加料金（プランによる）
• HRMOS勤怠（30名以下）：完全無料

コストだけで比較するとHRMOS勤怠が圧倒的に有利ですが、給与計算との連携やシフト管理の複雑さ、将来の規模拡大なども考慮した上で選ぶことが重要です。

失敗しない選び方｜比較前に確認すべき3つのポイント

どんなに評判の良いツールでも、自社の運用実態に合っていなければ意味がありません。勤怠管理システム選びで失敗しないために、事前に確認しておくべき点を3つ整理しました。

ポイント① 給与計算との連携方法を確認する

勤怠管理システムを導入する上で、最も見落とされがちなのが「給与計算ソフトとどうつながるか」です。勤怠データを給与計算に反映する作業は毎月発生するため、ここが手動のままだと導入効果が半減します。

すでにマネーフォワードやfreeeの給与計算ソフトを使っているなら、同じシリーズの勤怠管理を選ぶのが最も効率的です。別のツールを使っている場合は、CSVエクスポートでデータを連携できるかを必ず確認してください。KING OF TIMEやジョブカンはCSV連携に対応しており、多くの給与計算ソフトと組み合わせられます。

ポイント② 打刻方法が現場の実態に合っているか確認する

「スマートフォンアプリで打刻」と聞くと便利に思えますが、製造現場や店舗で全員がスマートフォンを持っているとは限りません。ICカードや指紋認証を使いたい場合はハードウェアの購入が必要になるケースもあり、導入コストが変わってきます。

まず従業員の働く場所と手持ちのデバイスを確認し、実際に使える打刻方法を前提に選ぶことが大切です。KING OF
TIMEは20種類以上の打刻方法に対応しており、最も柔軟に対応できます。

ポイント③ 無料トライアルで実際に試してから決める

機能の比較だけでは、実際の操作感や管理画面の見やすさはわかりません。今回紹介したツールはすべて無料トライアルまたは無料プランを提供しています。最低でも1〜2週間は実際に試してから契約を決めることを強くおすすめします。

特に、申請・承認のフロー（従業員が残業申請→上長が承認）が自社の運用に合っているかどうかは、実際に触ってみないと判断しにくい部分です。トライアル中に現場の担当者にも触れてもらい、操作のしやすさを確認しておくと安心です。

まとめ｜自社に合った勤怠管理システムを選ぶために

勤怠管理システムは、一度入れたら長く使い続けるツールです。安さだけで選んで「打刻方法が現場に合わない」「給与計算との連携が面倒」という問題が出ると、現場の不満につながります。反対に、高機能なものを選んで使いこなせなければ費用の無駄になります。

5つのシステムの特徴をもう一度整理すると、次のようになります。

• コスト重視・シンプルに使いたい → KING OF TIME（300円/人）
• シフト管理が重要な業種 → ジョブカン勤怠管理（200円〜/人）
• 給与計算との連携を自動化したい → マネーフォワード クラウド勤怠
• 人事労務全体を一本化したい → freee人事労務
• 30名以下・まず無料で試したい → HRMOS勤怠 by IEYASU

今日から始める3つのアクション

• 自社の給与計算ソフトを確認する

使っているソフトに合わせてシステムを選べば、データ連携の手間がゼロになります。

• 従業員の勤務場所・デバイス環境を把握する

現場でスマートフォンが使えるか、ICカードが必要かによって最適な打刻方法が変わります。

• 気になるシステムの無料トライアルに申し込む

今回紹介した5つのツールはすべて無料で試せます。まず1週間触ってみるのが、失敗しない導入への一番の近道です。